电离辐射后肿瘤相关成纤维细胞中差异表达基因的生物信息学分析

更新时间:2023-05-28

【摘要】为了探讨电离辐射对肿瘤相关成纤维细胞中基因表达的影响,我们从GEO数据库中检索获得电离辐射处理后的肿瘤相关成纤维细胞基因表达谱数据芯片GSE37318,利用GEO2R软件筛选差异表达基因;利用DAVID工具进行GO和KEGG途径富集分析;利用Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络并获取核心基因;利用GEPIA进行预后价值分析。结果共筛选获得上调表达基因144个,下调表达基因54个,主要富集在细胞应激、DNA损伤、细胞周期、衰老、细胞凋亡、氧化应激和p53信号通路等功能途径。构建了包含103个节点, 376条边的蛋白质相互作用网络,获得了前20个枢纽基因。预后分析表明:MCM10、DLGAP5、FANCI、CENPA、CDC6、FBXO5、NCAPG和DTL等辐照后表达下调的枢纽基因,其表达水平均与肺癌患者的总生存时间呈负相关(p<0.05);PCNA等辐照后表达上调的枢纽基因,其表达水平也与肺癌患者的预后呈负相关(p<0.05)。结果提示,电离辐射处理能导致肿瘤相关成纤维细胞中部分基因表达上调,部分基因表达下调,这些差异表达基因为评估肿瘤放疗效果、病人预后以及复发转移风险提供了潜在的分子标记。

【关键词】 电离辐射 肿瘤 成纤维细胞 差异表达 基因 生物信息学

阅读全文